商业秘密是可以在工商企业中使用并在商业流通中获得利益的秘密，它具有专利性，只不过发明人不愿公开而未申请专利而已。商业秘密有其特殊性：(1)无确定的保护期限，保护期限的终止取决于该技术隐秘性的丧失时间；(2)保护无地域限制，商业秘密所有人可向任何国家的公民、法人、非法人组织发放许可证，不必像专利、版权作品那样需要在他国取得专利、版权后才能发放许可证；(3)不禁止他人享有同一秘密。在采用版权模式保护软件前，软件企业一直用商业秘密法对软件进行保护。

  用商业秘密法对软件进行保护，其优于版权和专利权之处在于：①保护范围宽，对表达、思想、内容、数据都能提供保护；②在合法的情况下，人们无法对软件进行复制、抄袭等侵权活动；③商业秘密所有人不受地域和时间限制，只要秘密性不丧失，就能保证有丰厚的许可费来源。

  当然这种保护方式也有其不足，表现在：①以商业秘密保护软件，由于隐秘性易造成整个社会的重复研究，导致资源的浪费，也不利于整个软件行业的发展。②以秘密的方式保护软件，保密成本高，因为稍有不慎就有可能泄密，而一旦泄密，软件所有人就将永远失去专有权。在多人共享商业秘密的情况，泄密的情况很难杜绝，所以为了保密，需投人大量的资金和精力，如IBM公司每年用于保安、保密的资金多达5000万美元。③当发生盗用商业秘密的侵权诉讼中，在对新颖性进行举证时就会使秘密公开，使商业秘密所有人处于两难的境地。⑩