关于软件合理使用的法律性质的讨论，其目的在于厘清软件著作权人与利用人之间的权利义务关系。主要有三种学说探讨其性质：
  根据权利限制说，计算机软件合理使用的法律性质系对软件著作权的限制。因著作权的取得在本质上是一种有限制的独占，在取得权利的范围和期限上都有限制。在不经著作财产权人同意的情形下即可使用他人作品，此乃对著作权的限制，所以合理使用的本质是对著作人权利的限制。

  侵权阻却说认为，软件的合理使用是软件著作权侵权的阻却事由。首先假定合理使用已是一种侵害著作权的行为，因法律的规定使其不具违法性，而不构成侵害他人著作权。亦有学者认为合理使用的本质系侵权行为，但因基于公共利益的原因予以限制，但其所限制的仅是从实质违法的观点予以阻却违法，并不能阻却其行为的侵害性。⑥这种立法理论体现在美国著作权法实务中，合理使用通常被当成诉讼上的“积极抗辩”(affinTlative defenSe)。

  使用权利说认为，利用者依法享有利用软件著作权的权利，只要是合理使用，即是合法行为，属于利用软件著作权人的法定利益，可称其为权利。有学者认为合理使用即是著作权人以外的其他人，在未经著作权人同意的情形下，以合理方式加以使用的特殊权利。⑥

  本文认为，软件的合理使用具有对软件著作权人的权利限制的性质。权利限制说与使用者权利说实际上是对合理使用法律属性采取不同角度分析，“从著作权人之立场言，合理使用制度是对其专属权利之限制，而就利用人之观点言，合理使用是指著作权人以外之人在未经著作权人同意或授权下，得以无偿、合理之方式，自由利用著作，而不构成著作权侵害之行为”。⑦《软件条例》将合理使用制度编排于第二章“软件著作权”，虽不如《著作权法》将“合理使用”置于第四节“权利的限制”般明确，但由两法的关系而言，将软件的合理使用认定为权利的限制更为合理。软件合理使用制度在一定范围内限制了著作权人受著作权法保护的排他性专属权利，对软件著作权人而言，合理使用制度不啻为对其著作财产权的限制。

  软件合理使用制度具有不同层面的意义：第一，软件合理使用是利用人对他人软件著作财产的一种利用，表现形式为利用人对他人的软件可以不经著作权人同意，也不必支付报酬即可使用的利益或权利；第二，软件的合理使用是社会对他人软件著作财产权的一种限制，表现形式为在软件著作权人的专有领域内，由法律根据使用条件或方式直接划分一定的范围允许他人合理适当的利用，表现为一种授权性规范；但利用人亦可放弃这一权利而依程序获得软件著作权人许可并支付使用费，法律对此并没有进行强制性规定。