商业秘密虽然在保护计算机软件方面有其独特的优势，但是也有其不容忽视的问题，主要表现为以下几个方面：

  (一)反向工程与计算机软件的商业秘密保护

  对于计算机软件的反向工程在著作权意义上的合法性问题，一直存在争议。1991年欧盟颁布的《计算机软件保护指令》有限地承认了其合法性，该《指令》第53条赋予了软件的合法用户学习软件内含的思想和原理的权利。该条规定：计算机程序复制品的合法使用人，为了解程序要素中所隐含的观念及原则，在其有权从事安装、显示、运行、传输或储存该程序的行为时，可不经权利人的授权而观察、研究或测试该程序的功能。

  但是从商业秘密的角度讲，反向工程本身作为一个技术行为是一种中性行为，在商业秘密保护上，其合法与非法的界限在于两点：(1)反向工程的对象是合法还是非法取得?(2)反向工程本身是否违反约定义务。反向工程的对象是合法购买，但购买者承担了不进行反向工程的约定义务，这时虽然得到了物权，但是出于约定，丧失了反向工程的权利。如果进行反向工程的雇员对商业秘密权利人负有义务，这时反向工程也是违法的。如果一个计算机软件的程序被合法的反向工程所破解，使其失去了秘密性，那么作为这个计算机软件的这部分内容就不再符合商业秘密的构成要件，不能获得商业秘密的保护。

  (二)“启封许可”的作用

  正是由于反向工程对计算机软件的不利影响，因此有些厂商希望通过“启封许可”的形式来对其进行限制。所谓“启封许可”是指卖方将合同条款印刷于软件产品的显著位置，使买方可明显看到全部合同条款，买方只要购买并且打开包装即视为同意合同条款。从著作权法的意义上讲，如果启封许可的内容符合著作权法的规定，如禁止买方复制目标程序用于商业目的，即具有法律上的效力，受到法律保护。但是，很多启封许可的内容要求买方不得还原出程序的源代码；对加密程序买方不得解密；买方对使用程序中得知的卖方商业秘密，不得告知他人等，希望借此为买方设定保密义务。这在商业秘密的保护中，既没有法律依据，又不能从事实上证明软件处于秘密状态。大量销售的软件，即使加密，如果很容易被还原、破解，也不能得到商业秘密保护；如果很难被还原、破解，则可以考虑商业秘密保护，但这种保护是基于软件作为秘密的事实，而不是产生于启封许可条款。所以，启封许可条款对大量发行的软件是否构成商业秘密的认定，没有实际作用。

  结语

  商业秘密作为当今法律体系中，对计算机软件进行保护的有效手段之一，其独特的作用在于，它不仅能在著作权法和专利法所不能涉足的领域对计算机软件进行有效保护，还能与著作权法一起对计算机软件形成重叠保护，使权利人能够从中选择最为有利的方式来维护自己的合法权利，从而使计算机软件作为一种智力成果能够获得更为全面的保护。